En application de la LPR, l'arrêté fixant l'organisation et le fonctionnement du HCERES est paru au Journal officiel le 30 novembre 2021 : Décret n° 2021-1536.
Le président du HCERES est assisté d'un collège qu'il préside. Hormis les membres du collège dont la composition est fixée par l'arrêté (voir ci-dessous), le président nomme le personnel et les experts ; il possède les pleins pouvoirs notamment en matière de politique, de financement et de recrutement. Il fixe les rémunérations et les indemnités.
Le collège, quant à lui, fonctionne comme un conseil d'administration et est composé exclusivement de membres nommés :
Six membres issus d'instances nationales élues :
- Trois parmi les six candidats proposés par le Conseil national des universités ;
- Deux parmi les quatre candidats, dont un au moins a la qualité d'ingénieur, proposés par le Comité national du CNRS ;
- Un parmi les candidats proposés par l'instance d'évaluation de chacun des autres établissements publics à caractère scientifique et technologique, à raison de deux candidats par instance.
Six autres membres comprenant au moins un ingénieur et choisis de la façon suivante :
1° Deux parmi les candidats proposés, à raison de deux chacun, par les présidents ou directeurs d'organisme de recherche ;
2° Deux parmi les quatre candidats proposés, à raison deux chacun, par les deux conférences des chefs d'établissement mentionnées à l'article L. 233-1 du code de l'éducation (universités, ENS, écoles d'ingénieurs etc.)
3° Deux parmi les personnes ayant la qualité de chercheur, d'ingénieur ou d'enseignant-chercheur.
Deux représentants des étudiants proposés, à raison de deux candidats chacune, par les deux associations d'étudiants ayant obtenu le plus grand nombre de voix lors de la dernière élection des représentants des étudiants au Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche.
Un député et un sénateur désignés dans les conditions prévues à l'article 2 de la loi du 3 août 2018 susvisée.
Pour le financement du HCERES, l'article 7 précise :
Les recettes du Haut Conseil sont notamment :
1° Les subventions de toute nature ;
2° Les ressources propres ;
3° Les dons et legs ;
4° Toutes recettes prévues par les lois et règlements.